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フランチャイズ契約の契約当事者を連名にすることはできませんが、共同経営者の一人が契約の当事者になって本部と契約を締結し、もう一人はその連帯保証人となることにより、共同経営の実態に合わせることができます。
ただ、共同経営者のうち一人がやめる場合、本部との契約関係において注意する必要があります。フランチャイズ契約の当事者である人が経営から離れるときは、その人から経営を継続していく他の共同経営者に対してフランチャイズ契約の譲渡をしなければなりません。
フランチャイズ契約には、通常、"譲渡禁止特約規定（加盟店としてのフランチャイズ契約上の地位を他人に譲渡してはならないとする規定）"が設けられていますので、契約の譲渡手続きをするには本部の承諾が必要となります。また、連帯保証人である人が経営から離れるときは、本部との関係で連帯保証人を交代させる手続きなどをしなければなりません。また、共同経営を解消する際には、それまでの共同経営者においてそれぞれが負担した費用などをきちんと精算することが大切です。

ほとんどのフランチャイズ契約書には、「一旦支払われた加盟金は理由の如何を問わず返還しない」と定められています。したがって、原則的には、本部に対する加盟金の返還請求は困難です。
しかし、加盟後開店前に契約を解約する場合、本部との交渉により一部返還の請求をすることは可能と思われます。加盟金は、本部から提供されるノウハウなどの対価とされていることが多いため、店舗開店前に契約を解約する場合、本部からのノウハウなどの提供をほとんど受けていないことが考えられます。
この点を踏まえて、本部に加盟金を保持している理由がないことを説明し、また、本部が負担した費用（店舗開発のための立地調査や人件費など）を差し引いた金額を提示し、加盟金の一部を返還してもらえるように交渉をしてみることがよいと考えられます。

スーパーバイザーは、フランチャイズ事業の統一化のため、加盟店の店舗や事業所を継続的・定期的に訪問し、そのマネジメントやオペレーションについて指導、助言または相談にあたることを職務としており、本部と加盟店の連絡・調整をする役割を負っています。
スーパーバイザーの役割は本部によってさまざまですので、経営指導といっても具体的にどこまでサポートしてくれるのかを確認する必要があります。また、運営上のトラブルは突然生じるため、緊急時にどのような対応をしてくれるのか、また、対応してくれるとしても、費用は発生するのかどうかを確認しておくことも必要です。
スーパーバイザーの経営指導に対する不満によりトラブルが生じることもありますが、加盟時に本部から説明された経営指導を受けられていないのであれば、加盟者は本部に対し適切な経営指導をするよう要求することができます。スーパーバイザーが店舗に訪問したときの日報やレポートについて、加盟店側として内容を確認し、スーパーバイザーの対応に不十分な点があれば記載するなどをして、トラブル時に備えておくとよいものです。

フランチャイズでは、全体のイメージの統一性が必要であるため、フランチャイズ契約には品揃えの範囲の指定や本部からの商品の購入、仕入業者を推奨するなどの規定が定められています。これらの規定は、加盟店の仕入れ先を拘束するものですが、原則として法律に違反するものではありません。したがって、加盟店が本部の推奨している仕入れ先以外から仕入れた場合、契約違反として本部から損害賠償請求される可能性があります。
ただ、フランチャイズのイメージの統一性や品質の管理に必要である範囲を超えて特定の仕入れを強制する場合には、本部に独占禁止法違反の問題が生じることがあります。公正取引委員会が公表している「フランチャイズ・システムに関する独占禁止法上の考え方について」というガイドラインにおいて、"優越的地位の濫用"による独占禁止法違反の具体例が記載されていますので参照してみてください。

加盟店が契約違反などをした場合、損害額を算定することが難しいため、損害賠償の予定額として違約金に関する規定が定められています。したがって、フランチャイズ契約において違約金の金額が定められている場合、原則として、加盟店は本部に対して記載されている金額の違約金を支払う義務があります。
しかし、違約金の金額が予想される損害の程度と比較して著しく高額ある場合、無効もしくは一部無効とする裁判例もあります。一方で、ロイヤルティ６０ヶ月分の違約金規定を本部と加盟店の関係性などを考慮し、有効とした裁判例もあります。したがって、事案によって異なりますが、一つの目安としてロイヤルティ６０ヶ月分は違約金としての限界額であると考えられます。